어비스 12회 다운로드

시뮬레이션된 데이터 세트로부터의 컨티그들은 참조 인간 게놈에 정렬되었다(NCBI Build 36.1). 실험 데이터로부터 조립된 콘티그는 처음에 EPstein-Barr 바이러스(EBV) 게놈 서열에 대해 스크리핑되었고, 이는 BLASTN(Zhang et al.)을 사용하여 NA18507 세포주를 확립하는데 사용되었다. 2000) 두 EBV 균주로 구성된 로컬 데이터베이스에 대한 검색 (GenBank 가입 nos. {“유형”:”entrez-뉴클레오티드”,”attrs”:{“텍스트”:”AJ507799″,”term_id”:”86261677″,”term_text”:”AJ5077″….. 7999}}}AJ507799 및 {“유형”:”entrez-뉴클레오티드”,”attrs”:{“text”:”DQ279927″,”term_id”:”82703946″,”term_text”:” DQ279927″}}DQ279927) (Deininger 외. 1982; 돌란 외. 2006). 나머지 콘티그는 엑소네레이트 2.0.0(슬레이터 및 버니 2005)을 사용하여 인간 기준 게놈(NCBI Build 36.1)에 정렬하였다. 이들 콘티그는 또한 HuRef(Levy et al. 2007) 및 침팬지 게놈(침팬지 시퀀싱 및 분석 컨소시엄 2005)에 정렬되었다(UCSC로부터 다운로드한 서열; http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html#chimp 판트로2 어셈블리). 기준 인간 게놈에 정렬되지 않은 콘티그는 셀레라 어셈블리에 정렬되었다(Venter et al. 2001).

셀레라 어셈블리는 주로 J.C. Venter (Levy et al. 2007)에서 5 명의 개인으로부터의 DNA 서열로 구성됩니다. HuRef는 전체적으로 조립된 서열 갭 및 염기의 수측면에서 셀레라 게놈의 개선이지만(Levy et al. 2007), HuRef는 단일 개인을 나타내므로 HuRef가 아닌 Celera 어셈블리에 정렬되는 연속체를 식별할 수 있습니다. NCBI Blast 서버에는 셀레라의 추가 할당되지 않은 시퀀스가 있습니다. 콘티그는 BLAST 클라이언트인 “blastcl3″(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/)를 사용하여 BLAST에 의해 정렬되었습니다. 짧은 읽기 드 노보 어셈블리의 필드는 Pevzner 외에 의해 드 브루이진 그래프에 선구적인 작업에서 개발 (Pevzner와 당나라 2001; 페브츠너 외. 2001). 드 브루이진 그래프 표현은 현재 짧은 읽기 어셈블러에 널리 퍼져 있으며, 벨벳 (체르비노와 버니 2008), ALLPATHS (버틀러 등 2008), EULER-SR (Chaisson and Pevzner 2008)이 이 접근 방식을 따르고 있습니다. 대안으로, 접두사 트리 기반 접근 방식은 SSAKE에 대한 초기 작업과 함께 Warren et al. (2007)에 의해 도입되었습니다.

이 패러다임은 Jeck et al. (2007)에 의해 VCAKE 알고리즘과 Dohm et al.(2007)에 의해 SHARCGS 알고리즘에 뒤따랐습니다. 세 번째 지점에서 Edena (Hernandez et al. 2008)는 전통적인 중복 레이아웃 합의 모델을 짧은 읽기에 맞게 조정한 것입니다. ABySS는 여러 컴퓨터에서 병렬로 시퀀스 정렬을 계산하기 위한 MPI 기반 프레임워크인 DIDA(분산 인덱싱 디스패치 정렬)의 사용을 지원합니다. DIDA 소프트웨어는 별도로 다운로드하여 http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida 설치해야 합니다. DIDA는 단일 기계로 제한되는 표준 ABySS 정렬 단계와 비교하여 향상된 성능과 더 큰 타겟으로 확장할 수 있는 기능을 제공합니다. 사용에 대한 자세한 내용은 심연-pe 맨 페이지의 DIDA 섹션을 참조하십시오. 닐슨, 시드니 비, 숀 디 잭맨, 이난크 비롤, 스티븐 JM 존스 (2009). ABySS-Explorer: 게놈 서열 어셈블리 시각화. 시각화 및 컴퓨터 그래픽에 대한 IEEE 거래, 15(6), 881-888. doi:10.1109/TVCG.2009.116 ABySS는 클러스터 작업 스케줄러와 잘 통합됩니다.

다음 쉘 스니펫은 50에서 90까지 k의 8번째 값마다 모이게 됩니다. 클라이언트를 설치한 경우 새 패치를 다운로드하는 데 문제가 있으며 수동으로 패치를 다운로드할 수 있습니다. . 최대 1,000bp의 삽입 및 삭제 크기 분포는 로그 축척을 사용하여 플롯됩니다.